Clase 7 Actualización en micología 2021

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22-06-2021

Actualización en micología: Nomenclatura y taxonomía de levaduras y hongos filamentosos. TM MgCs PhD Claudio Alburquenque Ossandón [email protected] Universidad Mayor Junio 2021 1

Introducción CAMBIOS TAXONÓMICOS EN HONGOS LEVADURIFORMES TM Dr. Patricio Godoy Martínez Universidad Austral de Chile

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Introducción

Mycological Research. Volume 111, Issue 5, May 2007, Pages 509-547

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Introducción

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Introducción

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Actualización en levaduras

Cryptococcus

Rhodotorula

Basidiomycota Trichosporon Malassezia

1. Cryptococcus aerius 2. Cryptococcus albidosimilis 3. Cryptococcus albidus 4. Cryptococcus albidus var. albidus y difluens 5. Cryptococcus amylolentus 6. Cryptococcus antarcticus 7. Cryptococcus aquaticus 8. Cryptococcus ater 9. Cryptococcus bhutanensis 10. Cryptococcus consortionis 11. Cryptococcus curvatus 12. Cryptococcus feraegula 13. Cryptococcus flavus 14. Cryptococcus friedmannii 15. Cryptococcus fuscescens 16. Cryptococcus gilvescens 17. Cryptococcus heveanensis 19. Cryptococcus huempii 20. Cryptococcus humicolus 21. Cryptococcus hungaricus 22. Cryptococcus kuetzingii 23. Cryptococcus laurentii 24. Cryptococcus luteolus 25. Cryptococcus macerans 26. Cryptococcus magnus 27. Cryptococcus marinus

28. Cryptococcus neoformans var. neoformans y grubii 29. Cryptococcus gattii 30. Cryptococcus podzolicus 31. Cryptococcus skinneri 32. Cryptococcus terreus 33. Cryptococcus uniguttulatus 34. Cryptococcus vishniacii 35. Cryptococcus yarrowii Kwon-Chung 36. Cryptococcus adeliensis 37. Cryptococcus mangaliensis

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Actualización en levaduras Cryptococcus neoformans

Emerg Infect Dis,;vol. 9:189, 2003.

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Actualización en levaduras Cryptococcus gattii

Chen SCA et al. Clin Microbiol Rev. 27 (4) 2014.

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Actualización en levaduras Cryptococcus gattii

Chen SCA et al. Clin Microbiol Rev. 27 (4) 2014.

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Actualización en levaduras Cryptococcus spp.

F. Hagen et al./Fungal Genetics and Biology 78 (2015) 16–48

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Actualización en levaduras Cryptococcus spp.

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Actualización en levaduras Cryptococcus spp.

F. Hagen et al. / Fungal Genetics and Biology 78 (2015) 16–48

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Actualización en levaduras Cryptococcus spp.

F. Hagen et al. / Fungal Genetics and Biology 78 (2015) 16–48

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Actualización en levaduras

F. Hagen et al. / Fungal Genetics and Biology 78 (2015) 16–48

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Cultivo

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Cultivo

TM Dr. Victor Silva

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Detección de antígeno capsular

TM Dr. Victor Silva

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Tratamiento • Para la meningitis criptocócica, la anfotericina B con o sin flucitosina, seguida de fluconazol. • Para la criptococosis no meníngea, fluconazol • Voriconazol, posaconazol y ravuconazol solo en casos refractarios. • Equinocandinas como caspofungina no sirven in vivo!!!

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Actualización en levaduras Malassezia spp • Malassezia furfur • Malassezia sympodialis (Tronco) • Malassezia restricta (Cuero cabelludo) • Malassezia globosa (Tronco y brazos) • Malassezia slooffiae • Malassezia obtusa • Malassezia japonica - SugitaS.et al. 2003 • Malassezia yamatoensis - Sugita S.et al. 2004 •Malassezia pachydermatis •Malassezia dermatis- Sugita et al. 2002 •Malassezia nana •Malassezia equina - Nell et al. 2002 •Malasseziacaprae •Malassezia cuniculi

Humanos

Animales

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Actualización en levaduras Malassezia spp

Ramadán S, Sortino M, BulacioL, Marozzi ML, López C, Ramos L. Prevalence of Malassezia species in patients with pityriasisversicolorin Rosario, Argentina. Rev Iberoam Micol. 2012 JanMar;29(1):14-9.

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Actualización en levaduras Trichosporon spp 51 especies de Trichosporon 16 son de importancia clínica

Maximum-likelihood phylogenetic tree of Trichosporon species, based on analysis of the ITS1 and ITS2 regions and the D1/D2 region of the LSU. PLOS Pathogens | DOI:10.1371/journal.ppat.1004982 July 30, 2015

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Actualización en levaduras Candida spp.

G. Criseo et al. Journal of Microbiological Methods 111 (2015) 50–56

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Actualización en levaduras Candida albicans complex

G. Criseo et al. Journal of Microbiological Methods 111 (2015) 50–56

Borman et al. Journal of Clinical Microbiology p. 967–972. 2013. Volume 51 Number 3

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Actualización en levaduras Candida parapsilosis complex

Kharazi M et al. Curr Med Mycol, 2018, 4(1): 24-29

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Actualización en levaduras Candida glabrata complex

Gabaldón et al. BMC Genomics 2013, 14:623

J Clin Microbiol. 2018 Mar;46(3):933-8

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Actualización en levaduras Candida auris •

El primer reporte de C. auris se hizo en el Japón en 2009 a partir de la secreción de oído.

•

Se han reportados casos en Japón, Corea del Sur, Pakistán-India, Sudáfrica, Reino Unido, Colombia, Venezuela, Estados Unidos, Israel entre otros. Principalmente en ITS, heridas y otitis.

•

Su identificación por métodos comerciales y automatizados es errónea (C. haemulonii, C. sake, C. famata, Saccharomyces, Rhodotorula): •

Vitek2 ®

•

ID32C®

•

API Auxacolor®

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Actualización en levaduras Candida auris CDC dice: “puede ser mucho mas prevalente en otros países, pero estos no son reportados debido a la carencia de métodos especializados de laboratorio necesarios para la correcta identificación y susceptibilidad. Infection and Drug Resistance 2017:10

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Actualización en levaduras Candida auris ¿Que hago entonces??? • Secuenciación de región ITS, subunidad mayor DNAr D1/D2 y la región DNAr 28S es considerado el método de referencia. • MALDI-TOF de las marcas: Vitek MS y Bruker Biotyper, utilizando las bases de datos “exclusivas para investigación”. Ej: Vitek®MS RUO. • Actualizar software de Vitek2® a la versión 8.01 para la tarjeta YST.

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Actualización en levaduras Candida auris Es resistente a los antifúngicos de uso habitual: Infectious Disease, Special Edition 2018 • Fluconazol 93% de resistencia. • Amphotericina B 35% de resistencia • Equinocandinas 7% de resistencia. • 41% de resistencia a mas de dos clases de antifúngicos. • 4% de resistencia a todos los antifúngicos. Mortalidad de 72%!!!!

CCDR • July 6, 2017 • Volume 43-7/8

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Shawn R. Lockhart Clinical Infectious Diseases® 2017;64(2):134–40

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Un caso en Chile

Rev Chilena Infectol 2019; 36 (6): 767-773

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Actualización en levaduras Diutina gen. nov. •

El análisis filogenético de un grupo de levaduras, basado en el gen rRNA confirmaron la presencia de un clado no relacionado con otros géneros teleomorfos conocidos, dentro de los Saccharomycetales: •

Candida catenulata

•

Candida mesorugosa

•

Candida neorugosa

•

Candida pseudorugosa

•

Candida rugosa

•

Candida scorzettiae

Se crea el género Diutina gen. nov. se propone a incluir a los miembros del clado, incluyendo Diutina siamensis f.a. sp. nov. Pannida Khunnamwong et al. Description of Diutina gen. nov., Diutina siamensis, f.a. sp. nov., and reassignment of Candida catenulata, Candida mesorugosa, Candida neorugosa, Candida pseudorugosa, Candida ranongensis, Candida rugosa and Candida scorzettiae to the genus Diutina. IJSEM.2015,65,4701–4709

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Actualización en levaduras Candida spp.

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Actualización en levaduras Candida spp.

Peter G. Pappas et al. Clinical Infectious Diseases 2009; 48:503–35

Arendrup MC. Candida and candidaemia. Susceptibility and epidemiology. Dan Med J. ;60(11):B4698, 2013

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Actualización en levaduras Sporothrix spp.

Sporothrix chilensis Anderson Messias, Rodrigo Cruz, Geisa Ferreira, Sybrende Hoogc Pires de Camargo. Fungal Biology, Volume 120, Issue 2, February 2016, Pages 246-264

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Actualización en levaduras Sporothrix spp. La esporotricosis o enfermedad por el pinchazo de rosa, es una infección micótica granulomatosa, de curso subagudo o crónico. Es causada por complejo de hongos dimórficos Sporothrix schenckii, que incluye diferentes especies:

S. brasiliensis, S. mexicana, S. globosa, S. luriei, S. pallida, S. chilensis y S. schenckii sensu lato, siendo este último el agente más frecuente.

Rev Cubana Med Trop vol.68 no.2. 2016

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Actualización en levaduras Sporothrix spp.

T. C. Bravo. Biology. 2012 Mycopathologia volume 185, pages813–842 (2020)

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Actualización en levaduras Sporothrix spp.

Flavio Queiroz-Telles et al. Sporothrix and sporotrichosis. 2019

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Actualización en levaduras Sporothrix spp.

Mycopathologia (2020) 185:813–842

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Actualización en levaduras

Sporothrix spp.

Rosane Orofino-Costa, Priscila Marques de Macedo, Anderson Messias Rodrigues,Andréa Reis Bernardes-Engemann. An. Bras. Dermatol. 92 (5).2017

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Actualización en levaduras

Sporothrix spp.

Gremião IDF, Miranda LHM, Reis EG, Rodrigues AM, Pereira SA (2017) Zoonotic Epidemic of Sporotrichosis: Cat to Human Transmission. PLoS Pathog 13(1): e1006077.

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Actualización en levaduras

Sporothrix spp.

Esporotricosis cutánea linfática 50%-70%

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Actualización en levaduras

Sporothrix spp.

Toma de muestras y siembra

25°C

37°C

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Actualización en levaduras

Sporothrix spp. Chronic Meningitis and Hydrocephalus due to Sporothrix brasiliensis in Immunocompetent Adults: A Challenging Entity Rafael Mialski, Open Forum Infect Dis. 2018 May; 5(5): ofy081. Published online 2018 May 28. doi: 10.1093/ofid/ofy081

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Actualización en levaduras

Sporothrix spp.

Esporotricosis animal

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Actualización en levaduras

Sporothrix spp.

+1 47

Actualización en hongos filamentosos Zigomicosis

Hongos cenocíticos o “no” septados.

Hialohifomicosis

Hongos septados hialinos.

Feohifomicosis

Hongos septados pigmentados (negros).

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Actualización en hongos filamentosos Aspergillus spp. Macromorfología: • Entre 3 a 6 días, colonia aterciopeladas a granular. • Color inicial blanco, luego verde, amarillenta, gris, café o negra. • El reverso es blanco o puede observarse pigmentos de diversos colores. Micromorfología: • Hifas relativamente anchas, con ramificación dicotómica en 45°. • Los conidióforos son rectos, no ramificados, de tamaño variable. • Presentan vesícula apical redondas, achatadas o elipsoides. • Las fiálides nacen directamente de la vesícula o sobre métulas (mono o biseriada, respectivamente). • Los conidios forman cadenas de disposición columnar o radiada. 49

Actualización en hongos filamentosos Aspergillus spp.

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Actualización en hongos filamentosos Aspergillus spp. Familia

Linajes

Clados

1 (7 géneros)

Trichocomaceae

1

2 (4 géneros)

3 4 5 6 7

Sub-clados 1A Aspergilloides- Furcatum 1B Penicillium Subgrupos 1 2 3 4 5 6

Studies in Mycology 70: 1–51. 2011. Fungal Diversity (2011) 49:23–33

Aspergillus spp

2 3

Studies in Mycology 70: 1–51. 2011.

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Actualización en hongos filamentosos Aspergillus spp. Principales especies

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Actualización en hongos filamentosos Aspergillus spp.

Rev Iberoam Micol 2006; 17: S79-S84

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Actualización en hongos filamentosos Aspergillus spp.

Eduardo Piontelli L. Boletín Micológico Vol. 23 : 49 – 66, 2008

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dermatofitos

De Hoog et al. Mycopathologia (2017) 182:5–31

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dermatofitos

De Hoog et al. Mycopathologia (2017) 182:5–31

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dermatofitos

Tablas de estudio filogenético P. Zhan et al. DERMATOPHYTE PHYLOGENY AND GENOMICSSTUDIES IN MYCOLOGY 89: 153–175 (2018)

Material complementario 57

Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dermatofitos • P. Zhan et al. DERMATOPHYTE PHYLOGENY AND GENOMICSSTUDIES IN MYCOLOGY 89: 153–175 (2018) Secuenciamiento de: • ITS and LSU loci of the DNA operon • partial β-tubulin II (TUB2) • γ-actin (ACT) • Translation elongation factor 1-α (TEF1) • RNA polymerase II (rPB2) • 60S ribosomal protein L10 (RP 60S L1) • fungal-specific translation elongation factor 3 (TEF3) • Illumina HiSeq2000 technology with PE100 or PE125 mode. Software CASAVA v. 1.8.2 Evaluación de locus, alineamientos y filogenia: • SWISSPROT (http://uniprot. org), KEGG (http://www.genome.jp/kegg/), and EGGNOG (http://eggnogdb.embl.de/#/app/home) • Además, 6 software products were tested, viz. FUNGALRV (Chaudhuri et al. 2011), SIGNALP 4.0 (de Groot et al. 2013; Teixeira et al. 2014), PREDGPIPREDICTOR (http://gpcr2.biocomp.unibo.it/predgpi/pred.htm),FAAPRED (Ramana & Gupta 2010), BIG-PIPREDICTOR (Teixeira et al. 2014) and TMHMM 58

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dermatofitos Nombre antiguo

Nombre nuevo

Características

Microsporum gallinae

Lophophyton gallinae

tiña en aves de corral

Microsporum nanum)

Nannizia nana

tiña de los cerdos

Microsporum gypseum

Nannizzia gypsea

Geofílico, humano y animal

Trichophyton ajelloi

Arthroderma uncinatum

Geofílico, dermatofitosis rara en humanos y animales

Microsporum cookei

Paraphyton cookei

Geofílico, dermatofitosis rara en humanos y animales

Trichophyton tonsurans

Arthroderma melis

Humanos

Epidermophyton floccosum var. nigricans

Epidermophyton floccosum

Humanos

Arthroderma otae

Microsporum canis

Humanos, conejos, perros, monos

Trichophyton interdigitale

Trichophyton mentagrophytes

Perros, gatos, conejos

T. rubrum var. flavum

T. rubrum

Uñas humanos

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dermatofitos • • • • • • •

Trichophyton contiene 16 especies Epidermophyton con una especie Nannizzia contiene 9 especies Microsporum 3 especies Lophophyton 1 especie Arthroderma 21 especies Ctenomyces 1 especie

• Dos nuevos géneros son introducidos: Guarromyces and Paraphyton.

De Hoog et al. Mycopathologia (2017) 182:5–31

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dermatofitos

P. Zhan et al. DERMATOPHYTE PHYLOGENY AND GENOMICSSTUDIES IN MYCOLOGY 89: 153–175 (2018)

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dermatofitos

P. Zhan et al. DERMATOPHYTE PHYLOGENY AND GENOMICSSTUDIES IN MYCOLOGY 89: 153–175 (2018)

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dermatofitos

P. Zhan et al. DERMATOPHYTE PHYLOGENY AND GENOMICSSTUDIES IN MYCOLOGY 89: 153–175 (2018)

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dermatofitos

T. rubrum y T. violaceum análisis se secuenciamiento de rDNA ITS, genes LSU, TUB2, TEF3 y proteína ribosomal L10. Además, 30 genes de proteínas de adhesion y proteasas.

99,38% de identidad

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dermatofitos

Rodrigo Cruz Ch et al. Rev Chilena Infectol 2019; 36 (4): 513-517

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dermatofitos

Kazutoshi Harada et al. Case of tinea manuum transmitted by a hedgehog in an animal cafe. The Journal of Dermatology. 2019

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dematiáceos Curvularia, Exophiala, Scedosporium, Sporothrix, and Other Melanized Fungi. JOSEP GUARRO, HUGO MADRID, AND SYBREN de HOOG. Manual of Clinical Microbiology, 12th Edition (Carroll KC et al., ed.), © 2019 American Society for Microbiology.

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dematiáceos

Cladosporium cladosporioides

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dematiáceos

Cladophialophora bantiana

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dematiáceos

Exophiala dermatitidis

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dematiáceos

Tinción de hematoxilina y eosina de una muestra de biopsia de nódulo subcutáneo, que muestra hifas ramificadas de Fonsecaea monophora

Tinción PAS de una muestra de biopsia subcutánea de nódulos, que muestra células escleróticas de Fonsecaea pedrosoi dentro de una célula gigante

Isabella Barbosa Cleinman, S. S. Gonçalves, +6 authors G. Santoro-LopesMycopathologia2017

Hajar et al. Dermatología CMQ 2013;11(1):13-18

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dematiáceos

Tejido pulmonar con numerosos conidios e hifas de Lomentospora prolificans teñidos con PAS (a) y GMS (b) Teck et al Journal of Clinical Microbiology 2011. 49(5):2067-71

Scedosporium boydii Cano et al. Journal of Clinical Microbiology, 2005, 43(10):4930-4942

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dematiáceos

Scopulariopsis brevicaulis (Dr. Patricio Godoy)

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dematiáceos

La tinción PAS de un vaso hepático, que muestra una embolización masiva por Sporothrix schenckii, muestra células alargadas características.

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dematiáceos

Alternaria alternata (Dr. Patricio Godoy)

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Actualización en nomenclatura de hongos filamentosos Dematiáceos

Curvularia lunata

Curvularia hawaiiensis

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FIN

Gracias 77

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